CookSwt

SWT/GTKで起動後、リサイズしないと何も表示されない件ですが、bugzillaに登録されてますね。
https://bugs.eclipse.org/bugs/show_bug.cgi?id=71975

Windowsと、GTKやMacでは起動時の挙動が違うらしい。Windowsはリサイズのイベントが起動時に発生するとか。
シェルにレイアウトマネージャを設定してから、シェルのサイズを設定することで回避できるみたい。STATUSがRESOLVEDになってるけど、どう解決されたのかよくわからん。後でやってみよう。

Display display = new Display();
Shell shell = new Shell(display);
// Add layout manager before calling setSize()
shell.setLayout(new RowLayout());
shell.setSize(300,200);
shell.setText("Hello!");

追記
SwtUtils.javaとXmlDialog.javaでshell.open()する前に

shells[i].setSize(shells[i].getSize().x, shells[i].getSize().y+1);
shells[i].setSize(shells[i].getSize().x, shells[i].getSize().y-1);

とか、やったらちゃんと表示されました！
こんな場当たり的な解決策恥ずかしすぎ。